杨家亮，男，博士，研究员（正高级），硕士生导师，2009年9月毕业于新加坡国立大学生物统计学专业，获博士学位。2013年6月-2018年12月，在美国纽约西奈山伊坎医学院担任博士后和高级研究科学家职位，现任《Current Gene Therapy》、《Scientific Reports》等SCI杂志编委。发表SCI论文180+篇；Google学术引用11000+次，H-指数44；连续两年入选《全球前2%顶尖科学家》榜单（2023、2024）；授权国家发明专利6项，申请中20+项，获批软件著作权50+项。
电子邮箱：yangjl@geneis.cn
一、主要招生专业及研究方向
1. 主要招生专业：应用统计
2. 主要研究方向：人工智能、生物统计、医疗大数据挖掘
二、主要研究成果
1. 利用大数据挖掘研究衰老、老年性疾病和抗衰老药物，湖南省自然科学基金面上项目，项目负责人；
2. 建立基于混合人群的基因相互作用研究策略：新疆典型混合人群的全基因组研究，国家自然科学基金面上项目，排名：2；
3. 基于群体基因组序列的人类群体遗传结构调查新方法的研究，国家自然科学基金面上项目，排名：2；
4. 基于乳腺癌多组学的智慧医疗平台的建立和应用，北京市科技进步二等奖，排名：2
5. 基于多组学多模态整合分析对肿瘤治疗及预后标志物，第五届全国妇幼健康科学技术一等奖，排名：2
三、近几年发表的代表性论文
1. Genomic Variation, Origin Tracing and Vaccine Development of SARS-CoV-2: A Systematic Review. The Innovation. 2021, 2(2): 100116. (SCI 1区，通讯作者，影响因子：33.2)
2. Cancer susceptibility genes: update and systematic perspectives. The Innovation. 2022, 3(5):100277. (SCI 1区，并列通讯作者，影响因子：33.2)
3. Single Cell Technologies: From Research to Application. The Innovation. 2022, 3(6): 100342. (SCI 1区，并列第一作者，影响因子：33.2)
4. MicroEXPERT: Microbiome profiling platform with cross-study metagenome-wide association analysis functionality. iMeta. 2023. 2(4):e131 (SCI, 并列第一作者，影响因子：23.8)
5. TCM-Suite: A comprehensive and holistic platform for TCM component identification and network pharmacology analysis. iMeta. 2022. doi/abs/10.1002/imt2.47 (SCI, 并列通讯作者，影响因子：23.8)
6. Unveiling Patterns in Spatial Transcriptomics Data: A Novel Approach Utilizing GraphAttention Autoencoder and Multi-ScaleDeep Subspace Clustering Network. Gigascience. 2025, 14: giae103. (SCI 2区，并列通讯作者，影响因子：11.8)
7. Quartet-Net: A quartet based method to reconstruct phylogenetic networks. Molecular Biology and Evolution. 2013, 30(5): 1206-17(SCI 1区，第一作者，影响因子：11)
8. Drug repositioning based on weighted local information augmented graph neural network. Briefings in Bioinformatics. 2024, 25(1): bbad431. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
9. PDGCL-DTI: Parallel Dual-channel Graph Contrastive Learning for Drug-Target Binding Prediction in Heterogeneous Networks. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2024, DOI:10.1109/JBHI.2024.3520188. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
10. SWMA-UNet: Multi-Path Attention for Improved Medical Image Segmentation. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2024, DOI:10.1109/JBHI.2024.3520188. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
11. Enhancing Drug Repositioning through Local Interactive Learning with Bilinear Attention Networks. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2024, DOI:10.1109/JBHI.2024.3520188. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
12. Prediction of HER2-positive breast cancer recurrence and metastasis risk from histopathological images and clinical information via multimodal deep learning. Computational and Structural Biotechnology. 2022, 20: 333-342 (SCI 2区，第一作者，ESI热点论文/ESI高被引论文)
13. A weighted bilinear neural collaborative filtering approach for drug repositioning. Briefings in Bioinformatics. 2022, 23(2): bbab581. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者, ESI高被引论文)
14. DGHNE: Network enhancement-based method in identifying disease-causing genes through a heterogeneous biomedical network. 2022, 23(6):bbac405. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
15. ICSDA：A multi-modal deep learning model to predict breast cancer recurrence and metastasis risk by integrating pathological, clinical, and gene expression data. 2022, 23(6):bbac448. (SCI 2区，顶级期刊，通讯作者)
四、 目前承担的主要科研项目及经费
1. 2024.09-2026.08. 晚期一线复发转移HR+/HER2-乳腺癌基因图谱和预后关系研究. 北京融合发展基金会课题, 63万，项目负责人.
2. 2021.11-2025.11. 肺癌新型融合基因分子诊断及疗效评价系统开发的研究等任务，内蒙古自治区人民医院合作项目，37.67万，项目负责人.
